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Las causas son completamente desconocidas. Los síntomas aparentan ser el resultado de una sensibilidad incrementada que prácticamente reacciona casi a cualquier estímulo en plus, ya sea su origen un alimento, el stress, emociones circundantes, o una distensión por gases.

La gente que tiene esta estructura generalmente reacciona a dichos estímulos desarrollando pronunciadas contracciones en sus intestinos, y son estas contracciones las que parecieran ser responsables de las sensaciones de distensión, malestar y crisis.

El colon irritable no es causado por un agente infeccioso. Puede tener sintomatología común con la que produce el cuadro de intolerancia a la lactosa, pero son dos problemas distintos. El diagnóstico diferencial es de mucha importancia, en primer término. El colon irritable no tiene relación alguna con el cáncer.